第一部分　R語言編程入門　1

第1章　R語言簡介：全景圖　3
認識到使用R語言的優勢　5
　免費、開源代碼　5
　可以在任何環境下運行　5
　R語言支持擴展　5
　擁有活躍的社區　5
　和其他語言的連接　6
R語言的獨特之處　7
　向量的多項計算　7
　不僅僅是統計分析　8
　無需編輯直接運行　8

第2章　探索R　9
使用代碼編輯器　10
　探索RGui　11
　用RStudio優化　13
開始第一個R會話　15
　向世界說你好　15
　使用向量　15
　存儲和計算值　16
　回饋用戶　18
　啟動一個腳本　18
　響應你的工作　20
導航環境　21
　操縱環境中的內容　21
　保存你的工作　21
　檢索你的工作　22

第3章　R基礎知識　23
充分利用函數的強大功能　23
　向量函數　24
　函數參數調用　25
　創建歷史記錄　27
保持代碼的可讀性　27
　遵循命名規則　28
　組織代碼　30
　添加注釋　32
R基礎功能的擴展　32
　查找擴展包　32
　安裝擴展包　33
　加載和卸載擴展包　33

第二部分　開始使用R　35
第4章　算術入門　37
數值、無窮值與缺失值　37
　基礎運算的操作　38
　使用數學函數　40
　計算整個向量　43
　無窮及其以后　43
使用向量組織數據　45
　探索向量屬性　45
　創建向量　48
　向量連接　48
　重復向量　49
向量值的存取　49
　理解R的索引　50
　從向量中提取數值　50
　修改向量的值　51
使用邏輯向量　52
　值的比較　53
　將邏輯向量作為索引　54
　邏輯表達式的組合　55
　邏輯向量小結　56
增強數學運算　56
　使用向量的數學運算　57
　參數循環　59

第5章　開始讀和寫　61
對文本數據使用字符向量　61
　為字符向量賦值　62
　創建包含多個元素的字符向量　62
　獲取向量的子集　63
　為向量中的值命名　64
文本操作　66
　字符串理論：組合和分割字符串　66
　文本排序　69
　查找文本中包含的內容　70
　文本替換　72
　使用正則表達式　73
使用因子進行分類　76
　創建因子　76
　轉換因子　77
　關注水平　79
　區分數據類型　80
　使用有序因子　81

第6章　使用R處理時間數據　83
處理日期　83
用不同的格式表示日期　85
添加時間　86
日期和時間的格式　88
操作日期與時間　88
　加法和減法　89
　日期的比較　89
　提取　90

第7章　高維數據的處理　93
添加第二個維度　93
　探索新維度　94
　將向量組合成矩陣　97
使用索引　98
　提取矩陣元素的值　98
　降低維度　100
　修改矩陣中的值　100
為矩陣行列命名　101
　修改行和列的名稱　102
　將名稱作為索引　103
矩陣的計算　103
　矩陣的基本運算　103
　行列求和　105
　矩陣運算　105
添加更多維度　107
　創建數組　107
　使用維度來提取數據　108
在數據框組合不同類型的值　109
　由矩陣創建數據框　109
　從零開始創建數據框　111
　命名變量和規則　112
操縱數據框中的值　113
　提取變量、觀察值和元素值　114
　向數據框添加觀測值　115
　向數據框添加變量　117
將不同類型的對象組合到列表中　118
　創建列表　119
　提取列表中的元素　120
　修改列表中的元素　122
　理解列表的str()輸出結果　124
　透過樹木看到森林　125

第三部分　編寫R代碼　127
第8章　探索函數的樂趣　129
從腳本到函數　129
　編寫腳本　130
　轉換腳本　130
　使用函數　131
　簡化代碼　133
巧妙地使用參數　134
　添加更多的參數　135
　點參數的魔力　136
　將函數作為參數　137
　處理作用域　140
　穿越邊界　140
方法分配　142
　隱藏函數背后的方法　142
　實現自己的通用函數　144

第9章　控制邏輯流　146
使用“if”語句做出判斷選擇　147
用“if...else”語句實現另一種選擇　149
判斷選擇的向量化　150
　查看問題　150
　基于邏輯向量進行判斷　151
多種選擇　152
　嵌套“if ... else ”語句　153
　用switch處理多種選擇　154
循環遍歷　155
　構造一個“for”循環　155
　通過“for”循環來進行計算　156
無循環的循環：認識“Apply”家族函數　158
　“apply”函數的家族特征　159
　認識“apply”家族中的三個成員　159
　針對行和列使用apply函數　160
　將函數應用于與列表類似的對象上　162

第10章　調試代碼　165
知道要查找什么　165
閱讀錯誤信息和警告信息　166
　閱讀錯誤信息　166
　注意警告信息（或者不）　167
查找漏洞　169
　logit計算　169
　了解錯誤的來源　169
　查找函數內部　170
自定義消息　174
　創建錯誤　174
　創建警告　175
一些常見的錯誤　175
　從錯誤的數據開始　176
　格式錯誤的數據　176

第11章　取得幫助　180
在R幫助文檔中查找信息　180
　當我們明確地知道到底查找什么時　180
　當我們不知道到底要查找什么時　181
在互聯網上查找R幫助文檔　182
加入R社區　184
　在Stack Overflow和Stack Exchange討論R　184
　使用R郵件列表　184
　在Twitter討論R　185
實現最小可復現示例　185
　用隨機數創建樣本數據　186
　精簡代碼　187
　提供必要的信息　187

第四部分　讓數據說話　189
第12章　導入和導出數據　191
導入數據到R中　191
　在R文本編輯器中錄入數據　192
　使用剪貼板復制和粘貼　193
　從CSV文件中讀取數據　195
　從Excel中讀取數據　198
　處理其他數據類型　200
R中導出數據　201
使用文件和文件夾　202
　了解工作目錄　202
　文件操作　204

第13章　操作和處理數據　207
確定最合適的數據結構　207
創建數據子集　208
　理解三種子集運算符　209
　理解取子集的五種方式　209
　提取數據框子集　210
在數據中添加計算域　214
　數據框的列運算　214
　使用with和within提高代碼的可讀性　215
　對數據進行分組　216
組合與合并數據集　217
　創建示例數據　218
　使用“merge()”函數　220
　使用查詢表　221
數據排序　223
　對向量進行排序　224
　對數據框進行排序　224
使用“apply”函數遍歷數據　227
　使用“apply()”函數匯總數組　228
　使用“lapply()”和“sapply()”來遍歷列表或數據框　229
　使用“tapply()”創建表格匯總數據　230
了解公式接口　232
規范數據的格式　234
　理解數據的長格式和寬格式　234
　初識reshape2包　235
　將數據轉換為長格式　236
　將數據重塑寬格式　237

第14章　數據匯總　240
從正確的數據開始　241
　使用因子或數值　241
　唯一值計數　242
　準備數據　242
描述連續變量　243
　討論數據的中心　243
　描述變異性　244
　計算分位數　244
描述分類　245
　計數　246
　計算比例　246
　查找中心　247
描述分布　248
　繪制直方圖　248
　使用頻率和密度　249
描述多元變量　251
　完整數據集的匯總　251
　繪制子集的分位數　252
　記錄相關性　254
使用表格　257
　創建雙向表　257
　將表格轉換為數據框　258
　邊際與比例　259

第15章　差異與關聯檢驗　261
仔細研究分布　262
觀察海貍　262
　正態分布的圖形檢驗　262
　使用分位圖　263
　使用公式法檢驗正態性　265
比較兩個樣本　267
　差異檢驗　267
　比較成對數據　269
檢驗頻數和比例　270
　檢驗比例　270
　表格分析　271
　提取檢驗結果　273
使用模型　273
　方差分析　274
　計算差異　276
　線性關系建模　278
　線性模型評估　280
　預測新值　282

第五部分　繪制圖形　285
第16章　使用基本圖型　287
創建不同類型的數據圖　287
　數據圖概覽　287
　向數據圖添加點和線　288
　各種類型的數據圖　292
控制數據圖選項和參數　294
　添加標題和坐標軸標簽　294
　修改數據圖選項　295
　在單頁中繪制多個數據圖　298
將數據圖保存成圖片文件　299

第17章　使用lattice繪制切片圖　301
創建lattice數據圖　302
　加載lattice包　303
　制作lattice散點圖　303
　添加趨勢線　304
修改數據圖的選項　306
　添加標題和標簽　306
　修改標題和標簽的字號　307
　使用主題修改數據圖選項　308
繪制不同類型的數據圖　309
　繪制柱狀圖　309
　繪制箱型圖　310
繪制分組數據　311
　使用高格式數據　311
　繪制分組數據　313
　添加圖例　313
輸出和保存lattice數據圖　314
　將lattice圖賦予一個對象　315
　在腳本中輸出lattice數據圖　315
　將lattice數據圖保存成文件　315

第18章　學習ggplot2制圖　317
安裝并加載ggplot2　317
認識層　318
使用geom和stat　319
　定義數據　319
　從數據映射到可視元素　320
　獲得geom　321
了解stat　324
添加切片、標尺和選項　326
　添加切片　326
　修改選項　327
獲取更多信息　329

第六部分　20條有用建議　331
第19章　10種用R不用Excel的情況　333
添加行和列的總和　333
格式化數據　334
數據排序　336
使用if進行選擇　336
計算條件總和　337
列或行轉置　337
查找唯一或重復值　338
使用檢索表　339
利用數據透視表　339
使用單變量求解　340

第20章　關于程序包的10個技巧　343
探索CRAN　343
尋找有趣的程序包　344
安裝程序包　344
加載程序包　345
閱讀程序包的手冊和文檔　345
更新程序包　346
使用R-Forge　347
從github獲取程序包　347
從Bioconductor進行安裝　348
閱讀R手冊　348

附錄A　安裝R和RStudio　349
附錄B　rfordummies包　355
譯后記　357